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58名作者中5人感染病毒牺牲,用生命做研究

发布时间:2019-10-09 07:50编辑:科学浏览(176)

    北京语言大学埃博拉疫区新生被集中安置观察

    世界正在输掉“埃博拉战役”

    《科学》8月5日收到这篇论文,8月21日即决定接收,并在今天发表。针对此项研究,果壳网对论文的共同作者,博德研究所的克里斯蒂安·安德森(Kristian G. Andersen)和丹尼尔·朴(Danny Park)等人进行了采访。

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    这篇论文是目前该领域内的重要成果之一。研究人员收集了塞拉利昂出现埃博拉疫情初期的78名患者的99个病毒样本进行分析,并与此前的基因组进行对比。结果显示,此次病毒大规模爆发可能来自过去10年里非洲中部的一些埃博拉病毒的传播,引发此次疫情的病毒可能首先由动物传给人。研究证实,塞拉利昂的疫情可追溯至一名几内亚传统治疗师的葬礼,这名治疗师因给埃博拉患者治疗而感染病毒死亡,来自塞拉利昂的13名女性参加了他的葬礼。

    不幸牺牲的论文作者,从左至右分别为:穆罕默德·富拉、阿丽斯·科沃玛、舍克·汗、阿列克斯·莫依格波和穆巴鲁·方妮。图片来源:从左至右:Mambu Momoh; Simbirie Jalloh; Pardis Sabeti ; Mike DuBose

    这是埃博拉有史以来最严重的爆发!截至8月20日,已有超过2600例感染,其中1400多人死亡。这次埃博拉病毒爆发究竟始于何处,又是如何传播的呢?一组国际研究者联合塞拉利昂卫生部对99个埃博拉病毒基因组进行了测序,从而推断出了关于此次疫情的来源和传播模式,其研究论文发表在《科学》上。然而,截自论文发布时,已有5位论文作者不幸牺牲。

    但此项研究未能查明,是否因病毒变异刺激了病毒生长、令其变得更容易传播,从而加速了疫情扩散。加里称,这还需要进一步实验室测试。

    截至目前,超过240位医护工作者感染了埃博拉病毒,其中半数以上牺牲。(原标题:埃博拉病毒最新论文发表 5位作者因感染病毒牺牲)

    8月29日,国际权威杂志《科学》最新一期发表一篇关于埃博拉疫情的来源与传播模式的文章,论文名称为《关于2014年爆发的埃博拉病毒的起源和传播的基因组测序》,一组国际研究者联合塞拉利昂卫生部对99个埃博拉病毒基因组进行了测序看,这篇论文有58位共同合作者,然而到发表时,其中5位因感染埃博拉病毒而牺牲。

    文章题图:Stephen Gire

    研究报告刊登在《科学》杂志上,研究发现埃博拉病毒迅速变异,可能影响到当前的诊断技术以及未来的疫苗和治疗药物,包括葛兰素史克将进行临床试验的埃博拉疫苗,以及美国生物科技公司马普开发的药物ZMapp。

    美卫生官员称西非埃博拉疫情正走向失控

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    参考文献:

    1. Stephen K. Gire. et al. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak.Science DOI: 10.1126/science.1259657

    芝加哥8月28日(记者 Julie Steenhuysen) - 研究人员周四称,对塞拉利昂最早一些埃博拉病例的基因研究显示,该病毒在人际传播过程中出现了超过300个基因变化,这可能令当前开发中的诊断测试和试验性治疗的效果受到影响。

    本报北京9月3日电国际顶尖刊物《Science》最新一期发表一篇关于埃博拉疫情的来源与传播的文章,论文名称为《关于2014年爆发的埃博拉病毒的起源和传播的基因组测序》。该论文有58位共同合作者,其中5位因感染埃博拉病毒而牺牲。

    该篇论文的58位作者,分别为13家相关的国际研究机构的研究者或工作人员,包括哈佛大学、麻省理工以及爱丁堡大学等地的生物研究机构。论文作者中有26位来自塞拉利昂凯内马公立医院。这26名作者中,目前已有6位作者离世,其中5位因感染埃博拉病毒而牺牲,另一位在文章出版过程中因中风去世,他们均是抗争在埃博拉疫情一线的医护人员和科技人员。

    高通量测序

    为了了解埃博拉病毒在感染者体内的演化情况,研究人员通过高通量测序的方法,对99份样品中的埃博拉病毒基因组进行了测序,测序深度高达约2000×(注:测序深度为测序得到的碱基总量与基因组大小的比值,它是评价测序量的指标之一)。这些样品来自塞拉利昂的78名病人(包括了那12名参加了葬礼的女性),其中的一部分病人不止一次提供样品,使得研究者们能够更好地分析病毒在同一个体中如何变化。

    测序及分析结果共找出了395个基因突变,与以往有记录的埃博拉病毒相比,出现了341个碱基替换突变。研究人员还在这次埃博拉爆发的病毒样本中找到55个单核苷酸多态性位点。实验结果表明,病毒在扩散的过程中基因突变速度较快,突变位点包含了一些基于PCR诊断测试的重要位置——这些位点会影响测试结果的准确度。研究论文共同作者,来自哈佛大学的研究者史蒂芬·盖尔(Stephen Gire)说,这一结果对及时改进测试盒中PCR引物的序列有参考价值。在疫情爆发过程中,“我们也观察到了埃博拉病毒基因组的演化。研究结果显示,疫情爆发时病毒基因组的演化速度大约是无疫情时的两倍。”研究者说。

    图片 3来自哈佛大学的研究者史蒂芬·盖尔(Stephen Gire)正向塞拉利昂的凯内马公立医院运送用于检测埃博拉病毒的实验室安全设备和试剂。图片来源:论文作者之一的内森·约兹维亚克(Nathan Yozwiak)

     “基因监测在疾病爆发时非常重要。其他科学家建议我们要深入研究那些测序结果中的罕见突变,这些突变可能在利用传统测序方法时无法被检测出来。它们可能从一个宿主中开始出现,但由于无法用传统方法检测,到流行起来时就为时已晚。”研究者告诉果壳网,“因此,能够在突变刚开始发生时就能将其找出,对于跟踪突变的产生,以及预测将来会有什么突变出现都非常重要。”

    这些结果可能对研究药物和疫苗的靶点有重要意义。安德森和同事们第一时间向科学界公布数据,并迅速收到了反馈。“来自斯克里普斯研究所的科学家们对这些序列进行了结构预测,并与ZMapp的实验性抗体混合剂中的抗体结构进行了对比,以便为了解2014埃博拉病毒的变化提供结构线索。”研究者介绍道。

    下一步,研究者们希望了解2014埃博拉病毒基因组中与以往不同的突变与其感染和传播能力较强是否有关。

    编译:朱淑珍 发稿:王燕焜

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    今年2月,在西非几内亚爆发,并于3月扩散到利比亚,5月扩散至塞拉利昂,7月末扩散至尼日利亚。感染病例数增加迅速,倍增时间仅为34.8天。根据世界卫生组织的最新通报,目前以上4国已有超过3069人感染埃博拉病毒,其中1552人死亡。

    窥视疫情来源

    以往的埃博拉病毒病爆发仅限于中非的偏远地区,其中最大的疫情(318例)发生在1976年。2014年的爆发则出现在西非地区,从2月开始于几内亚,在3月和5月分别扩散到了邻国利比里亚和塞拉利昂,7月底到达尼日利亚。感染病例数增加迅速,倍增时间仅为34.8天。

    图片 4凯内马公立医院里用于监测埃博拉的聚合酶链式反应(PCR)引物。图片来源:论文作者之一的史蒂芬·盖尔(Stephen Gire)

    在严重疫情还未扑灭的情况下,有关病毒流行及时而准确的信息就显得尤为重要。研究者们急需了解这次埃博拉大爆发的起因、时间和传播方式,以及病毒的动态和演化进程。而其中的关键性人物,是一名由于高热和流产到塞拉利昂凯内马医院就诊的年轻女性。她被检测确认感染了埃博拉病毒,成为塞拉利昂境内确认的首个病例。

    经过调查,塞拉利昂卫生部的人员最终确认,该名妇女是由于参加了一名死于埃博拉的草药医生的葬礼而感染上病毒,葬礼上还有其他13名妇女,正是她们将病毒从几内亚传播到了塞拉利昂。

    分析结果还显示,塞拉利昂境内的埃博拉疫情由两株不同的埃博拉病毒引起,几乎同时从几内亚传入。而其中一株在由一名染病的护士传播到其他人身上时,突变形成了第三株病毒。这第三株病毒则由开车运送这名护士以及照顾她的其他人进一步传播开来。

    根据系统发生学的比较结果,研究者推测此次的埃博拉病毒的源头则可以追溯到1976年的那次大爆发。此次爆发的埃博拉病毒可能是由中非地区的病毒在过去10年间分支出来,并经由动物宿主传播的。虽然研究者们还不确定到底是哪种动物导致了病毒的传播,但是果蝠(fruit bat)是头号疑犯,因为至少有一种果蝠的生活区域横跨了中非直到几内亚。

    了解病毒的来源和传播可以防止疫情更大范围的扩散。“我们的研究结果表明,在某个时候,一个人从动物宿主身上受到感染,而之后的所有病例均为人与人之间的传播。然而,如果要进一步研究这个问题,则需要对来自几内亚、塞拉利昂和利比里亚的样品进行进一步测序,来分析是否有其它动物传人的例子发生。”研究者对果壳网说:“在受埃博拉疫情影响的人口中,许多都以丛林肉为重要的蛋白质和营养物质来源,这种行为本身就容易产生健康问题。但如果我们观察的结果是真的,那么我们应该将关注重点更多地放在防止人与人之间的传播上。”

    当3月25日塞拉利昂报告首例埃博拉病例时,该团队已对疫情进行了两个月的监测。塞拉利昂的首例埃博拉患者是前文中提到的信仰治疗师。

    该篇论文的58位作者,分别为13家相关的国际研究机构的研究者或工作人员,包括哈佛大学、麻省理工以及爱丁堡大学等地的生物研究机构。论文作者中有26位来自塞拉利昂凯内马公立医院。这26名作者中,目前已有6位作者离世,其中5位因感染埃博拉病毒而牺牲,另一位在文章出版过程中因中风去世,他们均是抗争在埃博拉疫情一线的医护人员和科技人员。

    这篇论文是目前该领域内的重要成果之一。研究人员收集了塞拉利昂出现埃博拉疫情初期的78名患者的99个病毒样本进行分析,并与此前的基因组进行对比。结果显示,此次病毒大规模爆发可能来自过去10年里非洲中部的一些埃博拉病毒的传播,引发此次疫情的病毒可能首先由动物传给人。

    众志成城

    参与研究的科学家们表示,此项工作非常艰难,但是多亏了许多个人和组织的共同努力才得以实现。包括凯内马公立医院和塞拉利昂卫生部对此次疫情的迅速反应,以及在博德研究所、哈佛大学和杜兰大学的团队成员们日以继夜地工作,让整个科学界在短时间内就可以看到实验数据。

    图片 5在塞拉利昂凯内马,部分参与本论文工作的研究者合影。左二舍克·汗(Sheik Humarr Khan,已牺牲)、右三奥古斯丁·戈巴(Augustine Goba)、右二克里斯蒂安·安德森(Kristian Anderson)、右一史蒂芬•盖尔(Stephen Gire)。图片来源:论文通讯作者之一帕蒂斯·萨贝提(Pardis Sabeti)。图片来源:论文通讯作者帕蒂斯·萨贝提(Pardis C. Sabeti)

    另一个重要因素,则是博德研究所在对其它病原体进行测序研究过程中建立起的研究方法和设施基础,“我们能够利用已有的测序方法(例如用于拉沙热和登革热病毒的方法)来进行高效的测序,才能让数据能够几乎实时地发表。”研究者对果壳网说。

    研究者认为,要完全控制这次疫情,还需要更多的支持、培训、基础建设以及资金资助。由于人与人之间的传播为本次疫情的扩散方式,因此对感染病人的隔离以及加强对与病人有接触的人群追踪十分重要。在将来,还需要培训更多的当地科学家和医生,并研制可靠且易用的诊断方法,来进行早期埃博拉感染的检测。“假如感染病例能在本地被快速准确的检出,也许疫情就能在爆发前被扼杀。”

    为了加快响应计划,研究团队在研究论文发表之前已将全长测序结果上传到了美国国家生物技术信息中心(NCBI)的DNA序列数据库中,以便全球的科学家们都能获得这些最新数据。“在疫情发生时,研究数据的共享十分关键。这就是我们选择在获得数据并进行过质检后马上发出的原因,其他的研究者们也采取了同样的做法。而我们十分希望在将来,数据的开放获取能成为常规做法。”

    研究者们还希望与出现疫情的其他国家的研究者们合作,从而对那些地区的病毒情况有所了解。德国汉堡Bernhard Nocht热带医学研究所的史蒂芬·君特(Stephan Günther)手上有来自几内亚病人的样品,身在利比里亚的其他研究者们也收集了样品,但由于所有人都还在奋力遏制疫情蔓延,他们暂时还没有时间对这些样品进行测序。

    本次研究集结了超过50名来自4个国家的共同作者参与病毒样品的采集和序列分析工作。不幸的是,其中5名作者已在抗击埃博拉的战斗中不幸牺牲——他们均为塞拉利昂凯内马医院的医护人员,包括舍克·汗(Sheik Humarr Khan)、穆罕默德·富拉(Mohamed Fullah)、穆巴鲁·方妮(Mbalu Fonnie)、阿列克斯·莫依格波(Alex Moigboi)和阿丽斯·科沃玛(Alice Kovoma)。

    而战斗还没有结束。(编辑:Calo)

    图片 6不幸牺牲的论文作者,从左至右分别为:穆罕默德·富拉(Mohamed Fullah)、阿丽斯·科沃玛(Alice Kovoma)、舍克·汗(Sheik Humarr Khan)、阿列克斯·莫依格波(Alex Moigboi)和穆巴鲁·方妮(Mbalu Fonnie)。图片来源:从左至右:Mambu Momoh; Simbirie Jalloh; Pardis Sabeti (2); Mike DuBose

    这些研究人员迅速将发现的基因序列公布在了网上,方便其他研究人员尽早获得数据。

    《科学》刊发埃博拉论文 5位作者因感染离世

    通报中说,“我们清楚了解到我们在利比里亚所能做的事非常有限。我们已经耗尽了所有人力资源处理几内亚和塞拉利昂的疫情,虽然所做的远不足够,但我们已没有能力做得更多。”

    参与此项研究的一些研究人员为此献出了生命,包括在塞拉利昂被奉为“英雄医生”的Sheik Humarr Khan,他感染埃博拉病毒后去世。

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    无国界医生认为,单靠国家和地区的卫生部门和非政府组织无法控制疫情。国际间必须动员更多资源,以支持政府竭止疫情。

    利用现有的拉沙热监控团队,研究人员迅速开始对采样进行检测。

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    无国界医生认为,“我们仍然不知道这意味着的实际情况是如何。可以说的是,由于病例散布范围甚广,我们也没有一个清晰的概览得悉所有出现疫情的热点,所以要采取检疫措施实在困难。流行病学监察系统没有正常运作,需要大大改善。”

    研究报告联合作者、杜兰大学的加里(Robert Garry)称,病毒在人体内变异速度,是在动物宿主体内变异速度的两倍。

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    面对塞拉利昂不断出现新病人,无国界医生的救援队伍已不胜负荷,已经将塞拉利昂东部的凯拉洪设立的埃博拉治疗中心,自6月25日开展运作起,已接受超过131名疑似或确诊的患者。其病床由也由64张增加至88张。

    世界卫生组织称,埃博拉感染人数可能超过2万人,疫情可能会扩散至更多国家。暂时未能联系到WHO代表就此项最新基因研究置评。

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    研究团队利用深度测序技术,不仅能发现病毒是如何在人与人之间传播时变异的,还能发现病毒在同一个人的体内是如何变异的。

    埃博拉病毒是一种致命的人类病原体,所引起的埃博拉病症的平均致命率为78%。1976年在非洲中部的偏远地区首次大规模爆发,有318例病例。今年2月,在西非几内亚爆发,并于3月扩散到利比亚,5月扩散至塞拉利昂,7月末扩散至尼日利亚。根据世界卫生组织的最新通报,目前以上4国已有超过3069人感染埃博拉病毒,其中1552人死亡。

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    哈佛大学的萨贝提(Pardis Sabeti)是此项研究的负责人,研究对象为塞拉利昂78名患者的采样,而这些患者感染均可追溯至一名信仰治疗师,这名治疗师医治的病人中有来自几内亚的埃博拉患者,而当前这轮埃博拉疫情最初爆发就在几内亚。

    在尼日利亚,无国界医生并未在当地有救援人员。

    萨贝提将此项研究收获归功于她的实验室、杜兰大学同行以及塞拉利昂卫生部多年来在发展拉沙热应对网络方面作出的努力。拉沙热与埃博拉病毒相似。

    了解病毒的来源和传播可以防止疫情更大范围的扩散。“我们的研究结果表明,在某个时候,一个人从动物宿主身上受到感染,而之后的所有病例均为人与人之间的传播。然而,如果要进一步研究这个问题,则需要对来自几内亚、塞拉利昂和利比里亚的样品进行进一步测序,来分析是否有其它动物传人的例子发生。”研究者对果壳网说:“在受埃博拉疫情影响的人口中,许多都以丛林肉为重要的蛋白质和营养物质来源,这种行为本身就容易产生健康问题。但如果我们观察的结果是真的,那么我们应该将关注重点更多地放在防止人与人之间的传播上。”

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    正在联合国就埃博拉疫情最严重的西非国家所面临的严重食物短缺而发出警告之时,国际医疗机构无国界医生周二宣称,“世界正在输掉这场而知埃博拉病毒的战役”。

    2014年8月14日在阿比让街头拍到的注意埃博拉病毒的标识牌。REUTERS/Luc Gnago

    9月1日,无国界医生救援队伍在受埃博拉影响的地区工作情况的通报中不无沮丧的做出了这样的观察总结。

    加里说:“她感染埃博拉去世后,很多人出席了葬礼。”参加葬礼的人中包括一名年轻的孕妇,她后来感染了埃博拉病毒,后来在凯内马政府医院被确诊感染埃博拉。

    而在几内亚,情况与塞拉利昂和利比里亚不同。几内亚的新病例有所减少后,过去一星期感染和死亡数目又有上升趋势。

    根据系统发生学的比较结果,研究者推测此次的埃博拉病毒的源头则可以追溯到1976年的那次大爆发。此次爆发的埃博拉病毒可能是由中非地区的病毒在过去10年间分支出来,并经由动物宿主传播的。虽然研究者们还不确定到底是哪种动物导致了病毒的传播,但是果蝠是头号疑犯,因为至少有一种果蝠的生活区域横跨了中非直到几内亚。

    研究证实,塞拉利昂的疫情可追溯至一名几内亚传统治疗师的葬礼,这名治疗师因给埃博拉患者治疗而感染病毒死亡,来自塞拉利昂的13名女性参加了他的葬礼,正是她们将病毒从几内亚传播到了塞拉利昂。

    凯内马公立医院里用于监测埃博拉的聚合酶链式反应引物。图片来源:论文作者之一的史蒂芬·盖尔

    另据科普网站果壳网对论文的共同作者——麻省理工学院博德研究所的克里斯蒂安·安德森和丹尼尔·朴等人的专访,研究者认为,在严重疫情还未扑灭的情况下,有关病毒流行及时而准确的信息就显得尤为重要。研究者们急需了解这次埃博拉大爆发的起因、时间和传播方式,以及病毒的动态和演化进程。而其中的关键性人物,是一名由于高热和流产到塞拉利昂凯内马医院就诊的年轻女性。她被检测确认感染了埃博拉病毒,成为塞拉利昂境内确认的首个病例。

    在利比里亚,情况正在迅速恶化,目前7个省份都发现有病例出现。无国界医生认为,利比里亚情况严峻,并几乎没有能力作抗疫应对工作。

    《科学》杂志于8月5日收到这篇论文,8月21日即决定接收,并在8月29日发表。

    在塞拉利昂,政府已经宣布进入紧急状态,表示该国已承认现时情况严重。

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    分析结果还显示,塞拉利昂境内的埃博拉疫情由两株不同的埃博拉病毒引起,几乎同时从几内亚传入。而其中一株在由一名染病的护士传播到其他人身上时,突变形成了第三株病毒。这第三株病毒则由开车运送这名护士以及照顾她的其他人进一步传播开来。

    但是,无国界医生同样指出,这不代表疫症爆发已经停止。相反,可能是感染者藏匿在他们的社区里,而没有出来接受治疗。在一些当地社区仍然有许多人对疾病存有恐慌。

    在几内亚首都科纳克里,无国界医生也减少了运作。目前在唐卡治疗中心的唯一一名患者也将于近期离院。无国界医生计划将工作移交给当地卫生部门。

    牺牲的5名作者均为塞拉利昂凯内马医院的医护人员,包括舍克·汗、穆罕默德·富拉、穆巴鲁·方妮、阿列克斯·莫依格波和阿丽斯·科沃玛。

    埃博拉病毒是一种致命的人类病原体,所引起的埃博拉病症的平均致命率为78%。1976年在非洲中部的偏远地区首次大规模爆发,有318例病例。

    无国界医生同样指出目前自身目前面临的问题。无法应付大量的新病例和新受影响地点,已经不能再加大救援力度了。

    由于在一些地区无法展开工作,无国界医生目前面临的困难也越来越多。“现时最关键的一环,是要在受到影响的社区获得人们的信任。”

    下一步,研究者们希望了解2014埃博拉病毒基因组中与以往不同的突变与其感染和传播能力较强是否有关。

    这份通报所记录的情况截止到7月31日。通报中称,在过去几个星期,无国界医生发现埃博拉疫情显着扩散。在塞拉利昂和利比里亚,病例数量急剧增加,疾病扩散到更多村庄和乡镇。几内亚的新病例有所减少后,过去一星期感染和死亡数目又有上升趋势。

    来自哈佛大学的研究者史蒂芬·盖尔正向塞拉利昂的凯内马公立医院运送用于检测埃博拉病毒的实验室安全设备和试剂。图片来源:论文作者之一的内森·约兹维亚克

    目前一些地区情况有所稳定。比如在西部的泰利梅莱。无国界医生称,“在连续21天没有新病例爆发后,我们关闭了泰利梅莱的伊波拉治疗中心。”

    截至目前,超过240位医护工作者感染了埃博拉病毒,其中半数以上牺牲。

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